Phim "Blue Archive The Animation" xoay quanh sự biến mất bí ẩn của Chủ tịch Hội học sinh liên bang, dẫn đến hàng loạt vấn đề khắp Kivotos do thiếu vắng lãnh đạo. Để ngăn chặn thảm họa xảy ra, Hội học sinh liên bang đã tìm đến sự trợ giúp của Câu lạc bộ Điều tra Liên bang, hay còn gọi là Schale, một câu lạc bộ mới thành lập. Đội ngũ của Schale được chỉ đạo bởi một Sensei, người sẽ hướng dẫn họ giải quyết các sự cố rối ren trong thành phố. Với yêu cầu mang theo vũ khí cá nhân và điện thoại thông minh, các học sinh trong đội sẽ phải đối mặt với những tình huống hành động căng thẳng, bên cạnh những mối quan hệ tình bạn và tình yêu trong hành trình tìm kiếm sự thật.
